Nous devons l'identification scientifique et l'introduction des premières plantes japonaises en Europe à des médecins naturalistes européens dont les plus célèbres sont l'Allemand Engelbert KAEMPFER (1651-1716), le suédois Carl Peter THUNBERG (1743-1828) et l'Allemand Philipp Franz von SIEBOLD (1796-1866). Ces trois personnages ont travaillé comme médecins pour le compte de la Compagnie néerlandaise des Indes Orientales (1602-1799), de la République batave et du royaume de Hollande. Ils ont séjourné au sein de la factorerie hollandaise installée à Dejima, îlot artificiel relié à la ville de Nagasaki, dans le sud du Japon, par un pont : de 1690 à 1692 pour Engelbert KAEMPFER, de 1775 à 1776 pour Carl Peter THUNBERG et une première fois de 1823 à 1829 pour Philipp Franz von SIEBOLD. Les textes et les flores rédigés par ces trois naturalistes constituent des témoignages précieux sur la découverte du Japon et ses espèces végétales, à une époque où le Japon était fermé aux étrangers, en dehors des enclaves hollandaise et chinoise de Nagasaki. 

À son retour en Europe en 1829/30, Philipp Franz von SIEBOLD s'installe à Leyde, aux Pays-Bas, et crée un établissement horticole Von Siebold & Compagnie, dans lequel il plante et multiplie les semences rapportées du Japon. Il publie un catalogue de vente de plantes d'introduction japonaise en français, le Catalogue raisonné et prix-courant des plantes et graines du Japon cultivées dans l'établissement de von Siebold & Compagnie à Leide.

Voici ce qu'il écrit en préface du catalogue publié en 1856 : 

"Les arbres et les arbrisseaux américains introduits en Europe au siècle passé (XVIII^e) ont changé favorablement l'aspect de nos jardins, de nos parcs et de nos promenades. De même, les plantes japonaises importées par nous dans les Pays-Bas en 1830 se sont répandues rapidement dans nos serres froides, nos jardins d'hiver et nos parterres, grâce à leur domesticité antique, leur acclimatation et leur culture facile. Encouragé par ces succès heureux, nous avons continué d'introduire des plantes d'ornement, usuelles et médicales du Japon, et favorisé par le Gouvernement des Indes-Orientales Néerlandaises, nous avons réussi d'importer en Europe plusieurs centaines de végétaux de la Flore de cet empire limitrophe des deux mondes et de la zone torride et glaciale. Depuis 25 ans, nos plantes japonaises sont entrées pour ainsi dire en rapport social avec les botanophiles européens ; il n'y a presque de fenêtre, de jardin d'hiver qui n'en soit décoré ; dans les parterres, elles sont devenues indigènes. Qui ne connaîtrait pas nos Lis, nos Funkias, nos Epimèdes, nos Conifères, nos Palmiers, nos Pivoines en arbre, nos Fusains à feuilles panachées, nos Spirées, nos Deutzias et Clématites ?"

La lecture de ce catalogue nous permet de comprendre la diversité des genres botaniques et variétés horticoles importés par Philipp Franz von SIEBOLD aux Pays-Bas à partir de 1830. Ces plantes ont été vendues et multipliées à leur tour par des horticulteurs français, notamment, qui ont les ont souvent rebaptisées. Les revues horticoles des sociétés savantes du XIX^e siècle nous permettent de mesurer l'offre considérable de plantes d'introduction japonaise à disposition des amateurs et professionnels à partir de cette époque.

De retour de Chine et du Japon, le botaniste et chasseur de plantes Robert FORTUNE (1812-1880) publie, en 1863, un ouvrage intitulé Yedo and Peking. A narrative of a journey to the capitals of Japan and China dans lequel il nous partage,  notamment, ses impressions sur les jardins et la flore de ces deux pays.

Voici ce qu'il écrit à la page 106 de son livre sur la visite des pépinières d'Edo, ancien nom de la ville de Tokyo :

"J'ai découvert un grand nombre de pépinières, riches en plantes ornementales du pays. J'ai visité ces pépinières les unes après les autres. Chacune regorgeait de plantes, certaines cultivées en pots, d'autres en pleine terre, dont beaucoup étaient totalement inconnues en Europe et présentaient un grand intérêt et une grande valeur. La journée était déjà bien avancée lorsque j'eus terminé l'inspection de ces jardins intéressants, mais j'étais très satisfait du résultat. Un grand nombre de nouveaux arbustes et arbres, dont beaucoup étaient sans doute bien adaptés à notre climat anglais, avaient été achetés. Des instructions furent alors données aux différents pépiniéristes pour qu'ils livrent les plantes à la légation britannique le lendemain."

Pendant toute l'époque d'Edo (1603-1868), les horticulteurs japonais ont fait preuve d'une grande imagination et créé des centaines de variétés horticoles, dans plusieurs genres botaniques, dont une partie est arrivée en Europe grâce aux naturalistes que nous venons de citer. 

• Février 1890 : création de la société Limited Liability Yokohama Ueki Shokai à Yokohama (Japon) avec SUZUKI Uhei comme représentant. Cette société devient la première société commerciale japonaise à importer et exporter des plantes. Elle ouvre une succursale à San Francisco, aux États-Unis. 
• Juin 1891 : création de la société Yokohama Nursery Shokai Co., Ltd. avec un capital de 50 000 yens japonais de l'époque. 
• Octobre 1893 : changement de raison sociale pour Yokohama Nursery Co., Ltd. et enregistrement du nouveau nom de la société. Présentation de bonsaïs japonais et de jardins à l'Exposition universelle de Colombus à Chicago. 
• 1897 : ouverture d'un jardin de culture d'iris (Isogo) dans le département de Kanagawa, dans le but de cultiver et d'améliorer la qualité des iris destinés à l'exportation. 
• Décembre 1898 : ouverture d'une succursale à New-York, aux États-Unis.
• Mars 1903 : afin de développer les débouchés à l'étranger, ouverture d'une pépinière d'iris à Kamata, dans le quartier d'Ebara à Tokyo. 
• Février 1907 : ouverture d'une succursale à Londres, en Grande-Bretagne. Publication d'une liste de prix pour la première fois et vente de graines de fleurs en sachets au Japon.
• Mai 1910 : présentation de bonsaïs et d'un jardin de style japonais à l'Exposition nippo-britannique et réception d'un Prix d'honneur et de deux coupes d'argent de la part de la Royal Horticultural Society.
• 1912 : exportation de cerisiers ornementaux japonais pour un don de la ville de Tokyo à Washington D.C.
• Avril 1913 : ouverture d'une boutique à Shin-Ogawamachi dans le quartier d'Ushigome à Tokyo. 
• 1914 : participation au Chelsea Flower Show en Grande-Bretagne, obtention du prix Standard Cup. La société a participé au Chelsea Flower Show chaque année de 1913 à 1939, remportant de nombreux prix. 
• 1945 : toutes les succursales et tous les bureaux à l'étranger sont fermés après la Seconde Guerre mondiale.

La Yokohama Nursery existe toujours et a fêté le 130^e anniversaire de sa création en 2021.